BOB新近一项调查显示，2009年秋冬至2010年春夏发生在云南的特大干旱导致23种国家重点保护植物总计约10万株死亡，部分野生动物生存受威胁，森林火灾多次发生，生物多样性受影响。
我省有150多处自然保护区。省林业厅调查显示：干旱使全省约750万亩自然保护区受到影响，重旱面积约10万亩。部分面积小、生态脆弱的自然保护区水源枯竭、湿地面积缩小，植物开花结实率降低。国家重点保护植物有23种约10万株死亡，野生动植物栖息地受严重影响。
报告显示，BOB在滇中、滇东南、滇东北、滇西北的农田、BOB疏林、少林地区和岩溶石区及干热河谷区，旱情对当地野生植物造成较大影响：药山国家级自然保护区发现攀枝花苏铁大面积死亡；南华县156株野生苏铁死亡；大围山国家级保护区100多株国家二级保护植物蚬木濒临死亡；金平县和个旧市红河流域保护区外50多株国家二级保护植物柄翅果濒临死亡；白马雪山国家级自然保护区红豆杉、珙桐等植物出现零星死亡。
在云南，绝大多数自然保护区是重要水源地，持续干旱造成保护区内部分溪流枯竭、河流水量减少、湖泊水位降低，两栖类动物和野生鸟类生存受到严重威胁。
位于滇东北的昭通市、曲靖市是此次旱情重灾区。这里是黑颈鹤的重要栖息地。大山包黑颈鹤保护区内湿地急剧萎缩，鱼种因水少而大量死亡，以鱼为主要食物的黑颈鹤面临食物短缺困境。当地群众说，黑颈鹤往年通常在3月底4月初才离开，今年提早了1个月就飞走。
今年2月初，西双版纳10余头亚洲象钻出密林，进入河谷饮水觅食，比往年提前半个多月。普洱市澜沧县糯扎渡镇附近的亚洲象因水源短缺到澜沧江边活动1个多月；哈巴雪山保护区100多只猕猴下山觅食，农田“肇事案”增多……
百年一遇的干旱还导致一些植被分泌物(树脂)增加，林木干枯，部分保护区森林火灾频发。云南大围山国家级保护区多年未发生森林火灾，这次干旱期间却发生多次森林火灾，BOB红河苏铁等珍贵植物被烧毁。
2010年4月，在云南省陆良县大莫古镇德格海子水库，记者看到相当于四五个足球场大的水库枯竭，库底皲裂成大大小小的泥
严重旱情对生态环境及生物多样性造成很大破坏。中科院昆明植物所生物多样性与生物地理学重点研究室博士税玉民认为，旱灾增加了物种灭绝的风险，生态系统发生变化。
税玉民考察发现，暖性石灰岩灌丛、竹林、干热灌丛、BOB亚高山草甸、湖泊水生植被枯萎死亡，许多植株变得纤弱，水禽和两栖类动物正常生存繁衍受到干扰，部分野生动物种群数量下降；由于物种抗干旱能力程度不同，物种间共生关系被破坏，现有生态系统结构遭破坏。
税玉民近20年在滇东南从事植物资源研究，他发现，在滇东南喀斯特地貌地区大型乔木可以做到短期抗旱，一旦旱情持续时间长，林木成片死亡和枯萎，就可能造成地区保水能力降低，BOB加速石漠化进程。
税玉民举例说，一种新近发现的珍贵物种“弥勒苣苔”在此次旱情中受到影响。该物种原本是3月份开花，由于气候影响，生长的苔藓环境被破坏，推迟到七八月开花，不少苣群刚开花就死掉。
2010年5月，在高黎贡山国家级自然保护区白眉长臂猿管理站，记者看到与滇东北地区大河断流、水库枯涸、农田绝收不同的景象：郁郁葱葱的森林间浓雾弥漫，山涧溪流潺潺，蘑菇和地衣苔藓生机勃勃，树蛙和长臂猿鸣叫此起彼伏……
高黎贡山国家级自然保护区保山管理局局长艾怀森说，旱情虽对保护区有一定影响，但保护区自然生态系统完整，水源涵养能力强，应对干旱极端气候能力比人工林或单一物种林区强。艾怀森说：“越是生物多样性丰富，生态系统完整的地区抗击干旱的能力越强。”
税玉民认为，过多的人类活动扰乱自然环境，导致生态系统应对恶劣气候的能力减弱，自我修复能力差，“不重视前期保护，只考虑事后恢复的做法不可取。”
省林业厅副厅长刘一丹说，针对此次干旱影响，林业部门会开展一系列抢救性保护工作。首先摸清物种受损情况，采取就地保护、近地保护或迁地保护等措施；其次对珍稀濒危物种的生活环境进行适当修复，比如扩建部分水生动物生存繁衍栖息地，扩大野生动物水源地等。
经过多年建设，我省国家级保护区和部分省级保护区已具备一定的重点物种研究能力，但对非重点监测种类关注不足，缺少准确的野生动植物种群变动数据。由于干旱影响表现可能滞后，专家建议建立多学科长期监测站点，为应对气候变化提供科学依据。