BOB种质资源保护是国家战略性、基础性工作，是促进农林牧渔业长期稳定发展、保障的重要方式。近年来，党中央把野生动植物种质资源保护摆在突出位置，出台了系列政策文件，实施一批种质资源保护工程和育种创新项目，野生动植物种质资源流失与丧失趋势得到很大程度遏制，动植物种质资源保护体系基本形成。不过由于我国种质资源保护工作起步较晚，我国野生动植物种质资源保护体系还存在短板弱项。
第一，野生动植物种质资源保护不足。一是基础理论研究和技术方法投入不足。野生生物种质资源相关的基础理论研究和技术方法投入不足，已成为制约种质资源收集保藏和评价利用的瓶颈。二是种质资源保护平台建设仍然不到位。各省（自治区、直辖市）虽然构建了不同类型的植保大数据平台，但都面临着种类划分不够统一，资源信息不够准确，缺乏遥感、气象、土壤等方面的信息化数据，数据共享程度不高等问题。三是特殊类型与特殊生境的动植物种质资源保护不尽如人意。当前已实现迁地保护的珍稀濒危动植物种类仅涵盖了“中国物种红色名录”的1/3左右，远低于《中国植物保护战略》既定目标。偏远小型物种由于资源底数不详或科学技术受限无法全面评估和定期更新，还有一些保护名录动物种质资源的保藏和繁殖存在很多困难。东南部，云南南部，滇黔桂喀斯特地区，新疆北部、西部和西南部边境地区仍然有大量调查薄弱和空白地区，极易受到外来生物入侵威胁。
第二，种质资源开发利用与生态系统平衡存在矛盾冲突。一是生物资源价值认识不充分。我国种质资源开发利用集中于具有重要经济价值的畜禽、作物、BOB水产品种资源，呈现过度开发、资源枯竭衰退特征，而对一些动植物种质资源的评价和挖掘重视不够，尚不清楚其经济价值，即使已经认识、开发的种质资源，也不是完全清楚其所有的价值。二是生物资源利用不平衡。只注重开发物质性资源，忽视开发利用非物质性资源，BOB存在如山区林业发展只注重开发林业资源，忽视了林下植物和森林动物等非木质资源，对森林生态系统的恢复、保护和培育重视不足。三是种质资源的生产管理相对滞后。如中药材在生产过程中作为农作物管理，缺乏体现药材生长规律和使用价值的标准，农药、化肥、生长调节剂滥用和栽培年限不足等现象十分突出，严重影响了药材的质量。
第三，种质资源相关政策制度和管理体系不完善。一是种质资源标准有待完善。我国各类生物资源库分属不同部门、地方，覆盖众多资源类型，资源库缺乏统一的建设规范与数据标准，资源质量差异很大，资源收集保藏能力和利用、分享水平参差不齐。二是现行政策制度存在薄弱或空白之处。我国至今没有专门的战略资源储备法，仅有的规定散见于一些法律、行政法规和部门规章之中。三是资金保障和专业人才支撑不足。我国种质资源保护主要由自上而下的政府主导，资金来源相对单一，生物资源馆库的人才队伍结构仍不合理，种质资源普查、BOB收集、登记队伍匮乏，管理队伍知识结构老化。
现阶段传统生物安全问题和新型生物安全风险相互叠加，生物安全危机已突破国家界限，生物资源保护呈现出许多新特点。笔者认为，应加快完善野生动植物种质资源保护体系，处理好生物资源开发与保护的关系，BOB强化生物资源保护的制度支撑，为构建人类命运共同体做出积极贡献。
首先，加快完善野生动植物种质资源保护体系。一是强化组织领导和统筹协调管理体系。进一步明确农业、林业、海关等行政主管部门职责，研究决策动植物种质资源保护利用中的重大问题，统一规划并制定实施国家动植物种质资源保护计划。地方政府应明确动植物种质资源主管部门，强化组织协调和保障，按照资源类别布局保种体系。二是加强基础理论研究，优化技术方法应用。加强特种资源的基础研究和前瞻性布局，加快推进核心种源技术攻关，尽快形成体系化生物资源科技创新能力。区别管理研用与商用的种质资源，减免科研用途生物种质资源关税，方便我国开发利用境外的生物种质资源。三是持续推进动植物种质资源平台建设。尽快建设统一的动植物种质资源中心，作为全国动植物种质核心资源的国家级备份库，率先规划建设综合性的国家科技平台长江流域生物物种资源(含基因)库及生态环境保障设施，开发国家重点保护动植物云认证系统，方便基层工作准确执法和采集录入动植物种质信息。四是重点加强特殊类型、特殊生境种质资源保护力度。加强对偏小型物种、微生物、昆虫等特殊类型和老少边穷地区种质资源的系统评估工作，尽快更新这类资源家底信息。
其次，处理好种质资源开发与保护的关系。BOB一是充分挖掘生物资源价值，实现有序合理开发。加强科学基础研究，全面评价和挖掘各类生物资源的直接价值、潜在价值和附加价值，分品类建立生物资源种质资源库，在不影响生物资源种群数量的前提下，分类有序合理开发其价值。二是基于非物质资源培育相关产业群体。探索发展以观光旅游、休闲度假为目的的生态旅游业，以修身养性、陶冶情操为主要目的的康养业，以非物质资源作为创意基地开发建设创意产业或以组织各类论坛的积累群体创新思维的科创产业。三是加强战略生物资源的生产质量管理，建立生物资源产品溯源体系。以县级现代农业园区、村特色产业示范园和户办特色产业园为载体，建设标准化种养基地，制定相应的管理规范，建立从种苗选育到采收、加工、炮制全过程的溯源档案，完善溯源体系的配套技术。
最后，持续推进种质资源保护的制度管理体系。一是完善生物资源标准体系。开展种质资源保护与开发相关标准体系研究，建立全国统一的标准化生物资源指纹图谱数据库，研究制定生物物种资源评价指标和等级标准，搭建国家种质资源协调交流机制和一体化规范。二是完善或出台种质资源相关政策法规。研究制定专门的基因保律，强化种质资源知识产权保护，尽快制定出台并在全国范围内实施《生物遗传资源获取与惠益分享管理条例》，修订完善《人类遗传资源管理暂行条例》关于行政、刑事处罚规定等。建立国家重点保护野生动物/植物名录动态管理机制，根据濒危动物/植物的生存状态，定期进行种类增减级别升降等动态调整。三是加强种质资源保护资金投入。要建立稳定的资金投入机制，将所需经费列入中央和地方财政预算，不断加大投入力度，加强和鼓励种质资源的科学研究，加强和完善生物物种资源保护基础设施建设，适度设立补贴与奖励机制，引导和扶持种质资源产品开发和生产。四是构建合理的生物资源保护的人才队伍。重视跨学科人才交叉培养，培育种质资源普查、收集、登记专业人才，优化人才绩效考评方式，为技术支撑人才队伍建设预留发展空间，确保种质资源管理和保护方面的关键性技术人才得到稳定支持，并加大后备人才培养和支撑团队建设的力度。